Je vais citer l'AMF :
En France, chaque client reste propriétaire de ses titres. Les portefeuilles des clients n’entrent jamais dans le bilan de l’établissement financier (ce n’est
pas le cas dans tous les pays de l’Union européenne).
En conséquence, si votre établissement financier se trouve en situation de cessation de paiement, l’intégralité de vos titres est transférée sans délai chez
un autre intermédiaire financier et reste à votre disposition, sous réserve
que votre intermédiaire financier n’ait pas eu de comportement frauduleux.
Le risque est celui-là à mon avis : qu'une banque défaillante mette en gage les titres de ses clients par exemple. C'est typiquement ce qui s'est passé lors de la faillite de MF Global, et sur lequel le liquidateur judiciaire (américain) a finalement fermé les yeux.
Maintenant, dans le cas où les titres ne peuvent pas être récupérés :
En cas de comportement frauduleux, un intermédiaire financier peut se trouver dans l’incapacité
de restituer tout ou partie des titres déposés dans son établissement ou de compenser la perte de ces titres.
Dans ce cas, en France, le Fonds de garantie des dépôts indemnise les investisseurs.
Mais... détail important.
Dans certaines circonstances, des titres sont exclus de la garantie.
...
• Les titres cotés dans une devise étrangère autre que celles des États de l’Espace économique européen (le dollar ou le yen par exemple) sont également exclus.
http://www.amf-france.org/documents/general/9117_1.pdf